ATCC菌株的存放方法并不止一种，我们在选择保存方法的时候应根据自己的需求来选择。在存放ATCC的过程中，一定要注意一些小细节，一旦中间出现问题，那之前所有的成果将会功亏一篑。ATCC菌种的贮存流程并不复杂，我们在操作的过程中仔细一点就可以了。
传代保存时，培养基的浓度不宜过高，营养成分不宜过于丰富，尤其是碳水化合物的浓度应在可能的范围内尽量降低。培养温度通常以稍低于最适生长温度为好。若为产酸ATCC菌种，则应在培养基中添加少量碳酸钙。一般地，大多数菌种的保藏温度以5℃为好，像厌氧菌、霍乱弧菌及部分病原真菌等微生物菌种则可以使用37℃进行保存，而蕈类等大型食用菌的ATCC菌种则可以室温直接保存。
传代培养保存法虽然简便，但其缺点也很明显，如：ATCC菌种管棉塞经常容易发霉;菌株的遗传性状容易发生变异;反复传代时，菌株的病原性、形成生理活性物质的能力以及形成孢子的能力等均有降低;需要定期转种，工作量大;杂菌的污染机会较多。
该法较前一种方法保存ATCC菌种的时间更长，适用于霉菌、酵母菌、放线菌及需氧细菌等的保存。此法可防止干燥，并通过限制氧的供给而达到削弱微生物代谢作用的目的。其具有方法简便的优点，同时也适用于不宜冷冻干燥的微生物(如产孢能力低的丝状菌)的保存，而某些细菌如固氮菌、乳酸杆菌、明串珠菌、分枝杆菌、红螺菌及沙门氏菌等和一些真菌如卷霉菌、小克银汉霉、毛霉、根霉等不宜采用此法进行ATCC菌种保藏。
