ATCC菌株保存方法有多种，更理想的为真空冷冻干燥法，具有保存时间长、成活率高、变异小等优点，但操作技术难度大，花费高，需特殊设备，一般单位不易做到，而一些常规方法，常因传代次数多、易污染、易变异，给保存带来诸多不利。多年来，微生物学工作者们一直在研究摸索简便而行之有效的ATCC菌株保存方法，笔者查阅相关资料并吸取同行工作者们的实践经验，总结了几种方法简便、效果好的保存方法，现介绍如下。
先将液体石蜡灭菌，然后放于37℃恒温箱中，使水汽蒸发掉备用。再将需要保存的ATCC菌株在更适宜的斜面培养基中培养，用无菌吸管吸取已灭菌的液体石蜡，注入已长好的斜面培养基上，用量以高出斜面顶端1cm 为准。试管需直立，置4℃或室温下保存，一般无芽胞细菌可保存1年左右。
甘油一生理盐水保存液的制备：取甘油(分析纯)8份加入生理盐水2份，充分混合后，经121.3℃ 30分钟灭菌备用。将此培养液与保存液以5：2的比例混合分装于灭菌的微量离心管，置-20℃冰箱保存(链球菌、奈瑟氏菌置-80℃冰箱保存)。使用时需37℃水浴中快速解冻。用上述方法保存一般菌株可存活3年以上，链球菌、奈瑟菌可存活12-15个月，且性状未发生变异。此方法采用幼龄肉汤培养物效果好，且适用于链球菌、奈瑟氏菌、弧菌、真菌等需特殊方法保存的ATCC菌株。
