ATCC菌株就是标准菌株，每种已经定名的细菌都会有一个模式菌株，一般就是该种是早发现的那株菌株，用来作为和其他细菌之间比较的对照物。新种鉴定的时候作为参比的实验菌株就必须是标准菌株。
ATCC菌株如何筛选分离？
工业发酵的有用菌种，其筛选步骤包括菌种分离、初筛和复筛，挑选具有某种能力的有用菌种。
ATCC菌株分离
首先是从土壤或腐生植物中收集含菌样品，用无菌水稀释后，涂布于置有适宜细菌、放线菌或霉菌生长的琼脂培养基平皿上，并将其倒置于恒温箱中，培养一定时间，平皿上长出的许多单个菌落(单一微生物的集落)经分别分离后即为各种纯种菌株，简称纯种，移种至试管斜面培养基上，置4℃冰箱备用。
ATCC菌株筛选模型
根据不同的筛选目的，采用不同的筛选模型。如常规筛选抗生素产生菌的方法是将土壤中分离所得的纯种，在含有琼脂培养基的平皿上培养后，用打孔器将菌块移至含有试验菌的琼脂培养基上，在适宜的温度下培养一定时间后取出，如在菌块的周围有透明的抑菌圈，则表明此菌种具有产生抑制试验菌生长的抗菌物质的能力。
所得菌种经过摇瓶液体发酵，测定发酵液或菌丝体内抗生素的含量，选出生产能力高的菌种。另一方面对所提取的抗生素进行结构分析、药理试验及临床试验等，确为有效者，即可作为生产菌种。又如筛选脂肪酶生产菌种的方法是将分离所得的霉菌涂布于含有牛脂的琼脂培养基上，恒温培养一定时间，如菌落周围出现透明圈的，则该菌具有分解脂肪的能力，进一步作摇瓶发酵测定酶活力，挑选产量高者作生产菌种的出发菌株。
